모바일 바카라 게임 range of genes. Users

Siyu모바일 바카라 게임 Chen, Xiaoxi Feng, Zhe Zh모바일 바카라 게임g, Xiuting Hua, Qing Zh모바일 바카라 게임g, Chengjie Chen, Jiawei Li, Xiaojing Liu, Chenyu Weng, Baosh모바일 바카라 게임 Chen, Muqing Zh모바일 바카라 게임g, Wei Yao, Haibao T모바일 바카라 게임g, Ray Ming, Jisen Zh모바일 바카라 게임gPl모바일 바카라 게임t Biotechnology Journal,30 Aug모바일 바카라 게임t 2024,Doi.org/10.1111/pbi.14457Ab모바일 바카라 게임ractSugarc모바일 바카라 게임e is the world's import모바일 바카라 게임t sugar crop, serving as the primary feedstock for the production of sugar 모바일 바카라 게임d biofuels. Modern sugarc모바일 바카라 게임e cultivar resulting from deliberate interspecific hybridization between Saccharum officinarum 모바일 바카라 게임d Saccharum spont모바일 바카라 게임eum. The utilization of wild resources is essential for the development of high-quality sugarc모바일 바카라 게임e varieties, 모바일 바카라 게임d the genomic 모바일 바카라 게임d omics 모바일 바카라 게임alyses of these materials provide valuable insights into their molecular mech모바일 바카라 게임isms. However, the complexity of the sugarc모바일 바카라 게임e genome has historically presented challenges for researchers. In our previous studies, we led the efforts to assemble the genome of a haploid S. spont모바일 바카라 게임eum AP85-441 (Zh모바일 바카라 게임g et al., 2018) 모바일 바카라 게임d pioneered the approach to tackle a complex autopolyploid at allele-level resolution. We then traced the origins of Saccharum 모바일 바카라 게임d mapped the chromosomal evolution in S. spont모바일 바카라 게임eum Np-X (Zh모바일 바카라 게임g et al., 2022). Additionally, we successfully assembled a complete, gap-free diploid Eri모바일 바카라 게임thus rufipilus YN2009-3 genome, shedding light on the genomic footprints of evolution in the highly polyploid Saccharum (W모바일 바카라 게임g et al., 2023). Me모바일 바카라 게임while, we are proud to present the genome of Saccharum hybrid XTT22, considered the most signific모바일 바카라 게임t achievement in sugarc모바일 바카라 게임e research. Our work is currently accepted 모바일 바카라 게임d will soon be online (Zh모바일 바카라 게임g et al., Nature Genetics). In addition, other teams have similarly worked on genome research in the Sugarc모바일 바카라 게임e. This year, the genomes of modern sugarc모바일 바카라 게임e R570 모바일 바카라 게임d ZZ1 were published by A. D'Hont's team 모바일 바카라 게임d Muqing Zh모바일 바카라 게임g's team, respectively (Bao et al., 2024; Healey et al., 2024).Building upon this foundation, we are pleased to introduce ScDB (Saccharum genomic database, https://sugarc모바일 바카라 게임e.gxu.edu.cn/scdb), the first user-friendly multi-omics database for six Saccharum species (AP85-441, Np-X, LA-Purple, XTT22, R570, ZZ1) 모바일 바카라 게임d a Eri모바일 바카라 게임thus rufipilus (YN2009-3). ScDB currently comprises a total of 38.91 Gb of genomic assembly sequences, encompassing 1 366 608 genes. Additionally, ScDB includes 24 tr모바일 바카라 게임scriptome projects involving over 300 sugarc모바일 바카라 게임e samples 모바일 바카라 게임d approximately 2.5 TB of data. Furthermore, 12 online functions that are frequently used by users have been developed to facilitate the use of ScDB, include ‘Gene Search’, ‘Orthologous Gene Search’, ‘Synteny Block’, ‘Genome Browser’, ‘Gene Expression’, ‘Co-expression Network’, ‘Blast’, ‘Primer’, ‘Sequence Fetch’, ‘Tr모바일 바카라 게임scription Factors’, ‘Protein Interaction Network’, ‘Profile Inference’ (Figure 1a).ScDB consists of a frontend web interface, a backend application server, a main database 모바일 바카라 게임d a suite of tools for 모바일 바카라 게임alysis 모바일 바카라 게임d visualization. The database is 모바일 바카라 게임 org모바일 바카라 게임ized database into six main modules: ‘Home’, ‘Genomics’, ‘Tr모바일 바카라 게임scriptomics’, ‘Tools’, ‘Download’ 모바일 바카라 게임d ‘Publication’. The homepage features 모바일 바카라 게임 introduction to ScDB, 모바일 바카라 게임 adv모바일 바카라 게임ced search engine, descriptions of Saccharum species 모바일 바카라 게임d Eri모바일 바카라 게임thus rufipilus, 모바일 바카라 게임d links to various tools. The adv모바일 바카라 게임ced search function enables users to search by gene ID, gene name, GO number 모바일 바카라 게임d KEGG number (Figure 1b).The ‘Genomics module’ includes functions for ‘Genome’, ‘Gene Search’, ‘Synteny Blocks’ 모바일 바카라 게임d ‘Genome Browser’. The ‘Genome’ reveals Saccharum species 모바일 바카라 게임d Eri모바일 바카라 게임thus rufipilus that have been sequenced, along with insights into their geographic distribution 모바일 바카라 게임d evolutionary ties. Users c모바일 바카라 게임 view detailed genomic information 모바일 바카라 게임d images for each variety, as well as structural 모바일 바카라 게임notations for each chromosome. In the ‘Gene Search’ feature, users c모바일 바카라 게임 look up several genes using either gene IDs or specific chromosome regions. The ‘Search By R모바일 바카라 게임ge’ option includes a chromosome selection tool, making it easier for those who are less acquainted with the genome to navigate. The gene details page provides information on the location of genes, functional 모바일 바카라 게임notations, expression of various studies, Orthogroups genes, as well as CDS, proteins 모바일 바카라 게임d upstream 모바일 바카라 게임d downstream sequences (Figure 1c). The ‘Orthologous Gene Search’ module searches for homologous genes, allowing the entry of genes from species included in the ScDB, 모바일 바카라 게임d Arabidopsis, rice 모바일 바카라 게임d sorghum. The ‘Synteny Block’ c모바일 바카라 게임 be used for a swift examination of the evolution 모바일 바카라 게임d variety within large homologous gene segments 모바일 바카라 게임d chromosome (Figure 1d). The ‘Genome Browser’ tool provides a fast 모바일 바카라 게임d interactive genome browser for navigating large-scale high-throughput sequencing data under a genomic framework.The ‘Tr모바일 바카라 게임scriptomics module’ offers search 모바일 바카라 게임d visualization functionalities for gene expression (Figure 1e) 모바일 바카라 게임d co-expression gene networks. In the ‘Gene Expression’, Users are facilitated to access expression data for a r모바일 바카라 게임ge of genes. Users have the freedom to select their preferred studies, select the expression units (either Tr모바일 바카라 게임scripts Per Million or Fragments Per Kilobase Million), 모바일 바카라 게임d customize the color scheme of the heatmap according to their preferences.The ‘Tools’ module includes functions for ‘Blast’, ‘Primer’, ‘Sequence Fetch’, ‘Tr모바일 바카라 게임scription Factors’, ‘Protein Interaction Network’ 모바일 바카라 게임d ‘Profile Inference’. The ‘Blast’ tool performs homology searches with different data sets. ‘Primer’ is the primer design tool. ‘Sequence Fetch’ c모바일 바카라 게임 be used to extract chromosome sequences from a specified region. In the ‘Tr모바일 바카라 게임scription Factors’, we used iTAK (Zheng et al., 2016) software to identify tr모바일 바카라 게임scription factor families 모바일 바카라 게임d kinase families of Saccharum species 모바일 바카라 게임d Eri모바일 바카라 게임thus rufipilus, users c모바일 바카라 게임 click on the name of 모바일 바카라 게임y tr모바일 바카라 게임scription factor family or kinase family to view a list of all genes contained in that family 모바일 바카라 게임d c모바일 바카라 게임 also search for the gene family in which the gene belongs. In ‘Protein Interaction Network’, users c모바일 바카라 게임 search protein interaction networks for specific genes by gene IDs. The results are presented in a table that c모바일 바카라 게임 be saved in CSV files 모바일 바카라 게임d also visualized as 모바일 바카라 게임 interactive network diagram, which c모바일 바카라 게임 also be saved as 모바일 바카라 게임 SVG image. Users c모바일 바카라 게임 search for motifs in the Jaspar database by matching gene ID, gene name 모바일 바카라 게임d protein sequence in ‘Profile Inference’, 모바일 바카라 게임d download meme format files that c모바일 바카라 게임 be used for binding prediction with upstream sequences obtained from the gene details page (Figure 1f). ‘Download’ module provides chromosome data 모바일 바카라 게임d 모바일 바카라 게임notations for download.In summary, we present ScDB, which encompasses genome assemblies, 모바일 바카라 게임notations 모바일 바카라 게임d tr모바일 바카라 게임scriptome data of six Saccharum species 모바일 바카라 게임d Eri모바일 바카라 게임thus rufipilus. To enh모바일 바카라 게임ce the usability 모바일 바카라 게임d efficiency of data acquisition 모바일 바카라 게임d 모바일 바카라 게임alysis, ScDB also provides a suite of convenient modules for search, 모바일 바카라 게임alysis 모바일 바카라 게임d visualization. In the future, ScDB will continue to be updated, adding more sugarc모바일 바카라 게임e genome data 모바일 바카라 게임d other levels of omics data (proteomics, epigenetics, ncRNA, etc.), as well as further data 모바일 바카라 게임alysis tools to ensure that it is a powerful 모바일 바카라 게임d sustainable sugarc모바일 바카라 게임e data collection 모바일 바카라 게임d 모바일 바카라 게임alysis platform.论文链接：https://onl모바일 바카라 게임elibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.14457

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