陈玲玲团队构建柑橘多组学数据库

2022年08月28日 18:05  点击:[]

      近期,我室陈玲玲教授课题组和华中农业大学徐强教授课题组在Molecular Plant在线发表题为“Citrus Pan-genome to Breeding Database (CPBD): A comprehensive genome database for citrus breeding”的数据库文章,整合了柑橘属下多个物种的바카라 카지노 사이트组、转录组、变异组和表观组的数据,开发相关在线工具,为柑橘的理论和育种研究提供了重要平台。

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      该研究构建的柑橘泛바카라 카지노 사이트组辅助育种数据库CPBD ()涵盖17个柑橘物种的23个바카라 카지노 사이트组、13种园艺作物的4038套转录组、167种柑橘资源材料的变异组数据以及44个柑橘样本不同组织和发育时期的DNA甲基化组数据,为目前已发表的最新和最为完整的柑橘바카라 카지노 사이트组、表观组和园艺作物转录组数据集。同时提供23个바카라 카지노 사이트组的同源바카라 카지노 사이트查询、共线性区块分析和바카라 카지노 사이트功能/通路注释等信息。

     CPBD提供了多样的查询方法,以表格和可视化方式展示查询结果,保证展示全面和准确的同时方便用户在不同尺度上查询数据。同时,该数据库还提供了实用的分析工具包括바카라 카지노 사이트搜索、序列获取、BLAST、바카라 카지노 사이트ID转换、KEGG/GO富集等常规分析工具,此外还提供了CRISPR设计和全바카라 카지노 사이트组关联分析 (GWAS)两个实用的功能挖掘模块。바카라 카지노 사이트编辑作为高效的育种手段,其精确选择敲除位点依赖于组装完整的바카라 카지노 사이트组,“CRISPR设计”模块可以用生物信息手段寻找目标片段上的可能敲除位点,并计算在全바카라 카지노 사이트组范围上的潜在脱靶位点,为바카라 카지노 사이트编辑相关研究者提供参考。GWAS模块充分发挥平台具有丰富的바카라 카지노 사이트组和变异信息这一优势,能够在线运行GWAS,将性状和바카라 카지노 사이트组位点进行关联。

     此前,柑橘相关数据分散在多个不同数据库中,少数几个柑橘数据库也只涉及单一类型数据,CPBD是目前能够提供最全面的多组学数据检索平台,页面简洁、用户友好。该研究不仅为柑橘理论研究和育种实践提供重要支撑,同时也为其他作物整合和利用多组学数据辅助育种提供了参考。

      华中农业大学博士研究生刘韩明子、王霞研究员为论文共同第一作者,徐强教授和陈玲玲教授为共同通讯作者。该研究获国家重点研究开发项目、国家自然科学基金和湖北省自然科学基金项目资金资助。




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